Omnilog微生物鑒定儀主機由可控溫度培養室及程控圖形捕獲系統部分構成，計算機內圖形捕獲卡通過主機中的攝像頭攝取微孔板底部的圖片，由軟件對每個微孔中的顏色進行數字化分析，軟件自動判定結果。